重庆地质矿产研究院成立于1953年，前身为四川煤田地质研究所，隶属于中国煤田地质总局，是中央在渝科研事业单位。1997年重庆直辖，更名为重庆煤田地质研究所。2007年5月经重庆市编委批准，更名为重庆地质矿产研究院，划归重庆市管理。2018 年 10 月，重庆市机构改革后，由
重庆市规划和自然资源局主管。
重庆地质矿产研究院秉持“科研与技术支撑并重”的发展定位，主要从事地质矿产资源勘查、页岩气绿色开发、地质灾害防治、生态保护修复、检验检测、国土空间规划、测绘权益、土地资源研究、环境保护等方面的科研和技术服务工作。